Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi menurut Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Tentang Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi Nomor 62 tahun 2016 adalah kegiatan sistemis untuk meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan. Sedangkan pengertian sistem penjaminan mutu internal yang selanjutnya disingkat SPMI, adalah kegiatan sistemis penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan.
Sistem penjaminan mutu internal di STIKES Notokusumo Yogyakarta yang selanjutnya disebut dengan Lembaga Penjaminan Mutu STIKES Notokusumo Yogyakarta (LPM STIKES Notokusumo Yogyakarta) adalah Bagian unit kerja di dalam institusi STIKES Notokusumo Yogyakarta, yang bertanggung jawab terhadap kegiatan penjaminan mutu pendidikan tinggi di STIKES Notokusumo Yogyakarta dan dilaksanakan oleh STIKES Notokusumo Yogyakarta (internally driven), yang bertujuan untuk mengawasi penyelenggaraan pendidikan tinggi oleh perguruan tinggi secara berkelanjutan (continuous improvement). LPM-STIKES Notokusumo Yogyakarta dilaksanakan dan diawasi secara mandiri oleh semua unit/komponen kerja yang ada di STIKES Notokusumo Yogyakarta serta bertanggung jawab langsung kepada Ketua STIKES Notokusumo Yogyakarta dengan landasan hukum dari Lembaga Penjaminan Mutu STIKES Notokusumo Yogyakarta dengan Surat Keputusan Ketua STIKES Notokusumo Yogyakarta No. 089.A/SK.07.04/XII/2020.
STIKES Notokusumo Yogyakarta, memulai berdirinya penjaminan mutu internal diawali dari tahun 2012 dengan bentuk Unit Penjaminan Mutu (UPM) AKPER Notokusomo, kemudian seiring dengan ada perubahan bentuk AKPER Notokusumo menjadi STIKES Notokusumo Yogyakarta tahun 2019, disertai dengan perubahan STATUTA AKPER menjadi STATUTA STIKES Notokusumo Yogyakarta, maka UPM berganti nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) STIKES Notokusumo Yogyakarta sesuai SK Ketua STIKES No. 089.A/SK.07.04/XII/2020.