Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Notokusumo Yogyakarta merupakan instutusi pendidikan  dibawah naungan  Yayasan Notokusumo. Yayasan Notokusumo didirikan pada tanggal 6 Juni 1979 oleh Kerabat Pakualaman bersama masyarakat.  Nama Yayasan Notokusumo di berikan oleh Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Ario (KGPAA) Sri Paduka Paku Alam VIII. Pemberian nama “Notokusumo” diambil dari nama seorang  Pangeran yang bernama Pangeran Notokusumo, beliau adalah putra Sri Sultan Hamengku Buwono I, sekaligus pendiri dinasti Pakualaman yang kemudian bergelar Paku Alam I. Kata Notokusumo  terdiri dari dua suku kata: “Noto” yang artinya  mengatur dan “Kusumo” yang berarti kusuma bangsa, atau dengan  kata lain  Notokusumo berarti  mengatur/mendidik anak bangsa agar menjadi pandega/pemimpin bangsa. Sesuai dengan Anggaran Dasar, Yayasan Notokusumo mempunyai maksud dan tujuan di bidang Sosial yang bergerak di bidang Pendidikan dan Kebudayaan guna mencerdaskan anak bangsa yang berbudi pekerti luhur. Hingga saat ini Yayasan Notokusumo telah mendirikan 2 (dua)  lembaga pendidikan tinggi, yaitu:
  1. Akademi Administrasi Negara (AAN), yang didirikan pada tahun 1979, yang pada perkembangannya telah berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) “AAN” pada tanggal 13 Mei 2002. STIA “AAN”  mempunyai dua program studi, yaitu Program Studi S1 Ilmu Administrasi Negara/Publik dan Program Studi D3 Administrasi Negara/Publik.
  2. Akademi Keperawatan (Akper) Notokusumo, yang didirikan pada tahun 1990, yang pada perkembangannya telah berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Notokusumo Yogyakarta pada tanggal 20 Agustus 2019. STIKES Notokusumo Yogyakarta  mempunyai dua program studi, yaitu Program Studi DIII Keperawatan dan Program Studi S1 Farmasi.
Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Notokusumo Yogyakarta merupakan perkembangan perubahan bentuk dari Akademi Keperawatan Notokusumo Yogyakarta. Akper Notokusumo Yogyakarta merupakan institusi pendidikan keperawatan swasta pertama di Yogyakarta untuk program pendidikan Diploma III Keperawatan. Diawal berdirinya Akper Notokusumo menempati kampus lama,  di Jl. Masjid Pakualaman No. 5 Yogyakarta. Setelah lebih kurang 19 tahun, seiring dengan tuntutan perkembangannya, Yayasan Notokusumo membangun kampus baru untuk Akper Notokusumo di Jalan Bener No. 26 Tegalrejo Yogyakarta. Akademi Keperawatan Notokusumo Yogyakarta resmi berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Notokusumo Yogyakarta dengan penambahan prodi baru S1-Farmasi berdasarkan Surat Keputusan Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi No. 739/KPT/I/2019 Tertanggal  20 Agustus 2019 tentang Izin Perubahan Bentuk Akademi Keperawatan Notokusumo  Yogyakarta di Yogyakarta menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Notokusumo Yogyakarta di Yogyakarta yang SK tersebut diserahkan oleh Kepala  LLDIKTI Wilayah V Yogyakarta pada tanggal 16 September 2019.