Akper Notokusumo yang berdiri sejak tahun 1990 resmi berganti status kelembagaan dan berubah menjadi Stikes Notokusumo Yogyakarta. Hal ini dicapai setelah memperoleh Surat Keputusan Kemenristekdikti Nomor 739/KPT/2019 yang berlaku sejak tanggal 20 Agustus 2019. Sedangkan acara penyerahan Surat Keputusan Perubahan Bentuk ini diselenggarakan pada hari Senin 16 September 2019 di kampus II Jalan Bener No.26 Tegalrejo. Penyerahan SK dilakukan secara langsung oleh Prof. Dr. Didi Achjari, SE.,M.Kom, AK, CA, sebagai Kepala LLDIKTI Wilayah V Yogyakarta kepada Drs.RM. Sedianto Soetio sebagai Ketua Pengurus Yayasan Notokusumo. Setelah penyerahan SK Perubahan Bentuk selanjutnya dilakukan penyerahan Pataka Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Notokusumo dari Ketua Pengurus Yayasan Notokusumo kepada Ketua STIKES Notokusumo, Giri Susilo Adi, S.Kep.Ns.M.Kep.
Seiring dengan perubahan bentuk kelembagaan tersebut maka jumlah program studi (prodi) di STIKES Notokusumo juga bertambah yang awalnya satu prodi menjadi dua prodi yaitu: Prodi D III Keperawatan dan Prodi S1 Farmasi. Tantangan ke depan bagi STIKES Notokusumo adalah dengan terus meningkatkan kualitas pendidikan sehingga lulusan yang dihasilkan benar-benar bermanfaat dan berdaya guna bagi bangsa dan negara, khususnya di ranah kesehatan. Di samping itu STIKES Notokusumo ke depan juga dituntut untuk meluaskan rentang pengabdian dengan menambah prodi-prodi baru di bidang kesehatan yang masih sangat dibutuhkan oleh masyarakat dan stake holder terkait.
Perubahan bentuk ini merupakan bukti komitmen nyata STIKES Notokusumo dalam memantapkan pengabdian khususnya dalam bidang pendidikan kesehatan dalam rangka berpartisipasi membangun manusia Indonesia seutuhnya yang unggul dan berkarakter di bidang kesehatan untuk mendukung peningkatan derajat kesehatan masyarakat. Segenap Sivitas Akademika menyadari bahwa perubahan bentuk menjadi STIKES Notokusumo ini memiliki tanggung jawab yang lebih besar yang harus dijawab dengan kualitas pendidikan yang bermutu, sehingga STIKES Notokusumo semakin dipercaya dan bermanfaat bagi masyarakat luas.
